Die Paläontologische Bodendenkmalpflege beschäftigt sich mit dem Schutz von Fossilien und Fossilfundplätzen, sie nimmt Fossillagerstätten auf (Kartierung, Bewertung, Überprüfung), gibt gutachterliche Stellungnahmen zu Fossillagerstätten im Rahmen der Planbeteiligung ab und organisiert und überprüft paläontologische Ausgrabungen im Rahmen der Denkmalpflege.
Ein Beispiel war die Begleitung der Neubaustrecke der Deutschen Bahn, die eine rechtsrheinische Schnellverbindung zwischen Köln und Frankfurt schafft. Sie war in zweifacher Hinsicht ein Meilenstein für die paläontologische Bodendenkmalpflege. Hier konnte mit der bauvorgreifenden Prospektion auf gefährdete Fossillagerstätten zum ersten Mal das Verursacherprinzip in der paläontologischen Bodendenkmalpflege durchgesetzt werden. Ein Prinzip, das den Verursacher (hier DB AG) einer möglichen Zerstörung bedeutender Fossilien zur Kostentragung der notwendigen denkmalpflegerischen Maßnahmen verpflichtet.
Aufgrund dieses Prinzips konnten im zweiten Schritt die beiden großen Tunnelprojekte im Rheinland, der Siegtunnel durch die Schichten des Tertiärs (ca. 25 Millionen Jahre) und der Aegidienbergtunnel durch die Schichten des Unterdevons (ca. 400 Millionen Jahre) während des gesamten Baubetriebes paläontologisch von den Experten der Universität Bonn begleitet werden.
Diese rund zweijährige kontinuierliche Ausgrabung, Bergung und Dokumentation von Fossilmaterial zählt zu den größten Maßnahmen der paläontologischen Denkmalpflege in Deutschland.